Verwarm de oven voor op 180°C. Vet een grote bakplaat lichtjes in. Bekleed een tweede bakplaat met bakpapier.
Snij de aardappelen in lange plakken van 1 cm dik en schik ze in één laag op de ingevette bakplaat. Besprenkel met 1 EL olie, strooi er 2 koffielepels oregano over en kruid met peper en zout. Draai de plakken aardappel om en rooster ze 30 min. in de oven. Leg dez plakken dan op de met bakpapier beklede bakplaat. Zet de oven niet uit.
Snij intussen de 3 aubergines in de lengte in sneden van 1 cm dik. Leg ze naast elkaar op de ingevette bakplaat, borstel er 2 EL van de olie over, kruid met peper en zout en strooi er 1 koffielepel oregano over. Verhit een grillplaat (of grillpan of de bbq) en gril de plakken aubergine in porties 3 min. per kant. Leg ze dan bij de aardappelplakjes op de bakplaat met bakpapier.
Snij de resterende aubergine in blokjes van 2 cm. Verhit de rest van de olie oop een matig vuur i een grote kookpan met dikke bodem en fruit de ui, de knoflook en de chilipeper 4 min. Voeg de blokjes aubergine toe en laat 5 min. meebakken. Voeg de wortel en paprika toe en laat 4 min. meebakken. Giet er dan de passata en 125 ml water bij en voeg de tijm en de rest van de oreganoe toe. Zet het vuur zachter, zet het deksel op de pan en laat 5 min. sudderen. Schep er de linzen door en breng op smaak met peper en zout.
Klop de ricotta, yoghurt, eieren, nootmuskaat voor de bechamelin een mengkom door elkaar tot een gladde saus en breng op smaak met peper en zout.
Vet een rechthoekige ovenschaal (22 x 36 cm) in met olie en bedek de bodem met een laag aardappelschijfjes. Schep er de helft van het tomatenmengsel over en leg daaro de helft van de plakken aubergine. Voeg afwisselend laagjes toe met de rest van het tomatenmengsel en de aubergine. Bedek tot slot met de bechamel, verklruimel er de feta over en bestrooi met mozzarella. Besprenkel met de extra olie.
Bak de moussaka 55 min. in de oven, of tot alles door en door warm is en de bovenkant goudbruin. Laat uit de oven 10 min. rusten voor het serveren.